This is a preview instance. Do not rely on this data for real analyses.
X
Pathoplexus
Organisms
Mpox Virus
SeqSets
News
About
Docs
Login
Pathoplexus
Organisms
Andes Virus [Hantavirus]
Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus
Dengue Virus
Ebola Bundibugyo
Ebola Sudan
Ebola Zaire
HMPV
Marburg Virus
Measles Virus
Mpox Virus
RSV-A
RSV-B
West Nile Virus
Yellow Fever Virus
SeqSets
News
About
Docs
Login
API docs
Governance
Legal notice
Funding
Contact
Status
Mpox Virus
|
Browse data
Submit sequences
Resources
Select organism section
Browse data
Submit sequences
Resources
PPD_005J36B.1
Download
Download FASTA
Download metadata TSV
Central_African_Republic/PPD_005J36B.1/2024-01-27
C. Malaka,
L. V. Patrono,
T. B. Tombolomako,
E. Farra,
S. Garba-Ouangole,
O. Sibiro-Demi,
J. Loerke,
F. Mbrenga,
F. S. Singa Niatou,
A. Rambaut,
P. Lemey,
S. Calvignac-Spencer,
E. Nakoune,
P. Somse,
F. Leendertz &
Y. II Boum
Helmholtz Institute for One Health, Greifswald
Sample details
Collection date
2024-01-27
Sampling location
Central African Republic (Ouaka; Bambari)
Data use terms
Data use terms
OPEN
✕
Data use terms history
Changed
User
Data use terms
2026-06-09 17:12
insdc_ingest_user
OPEN
Close
(history)
Data use terms URL
https://pathoplexus.org/about/terms-of-use/open-data
Clade & Lineage
Clade
Ia
Outbreak
None
Lineage
None
INSDC
INSDC accession
OZ235121.1
BioProject accession
PRJEB86106
BioSample accession
SAMEA117750676
NCBI release date
2025-02-25
NCBI update date
2025-02-26
Host
Host
human (Homo sapiens)
Submission details
Submission ID
OZ235121.1
Submitting group
Automated Ingest from INSDC/NCBI Virus by Loculus
Date submitted
2026-06-09 17:00:47 UTC
Date released
2026-06-09 19:02:17 UTC
Earliest release date
2025-02-25
Alignment and QC
Length
190460 (72.2%)
# of SNPs
568
# of inserted bases
2734
# of deleted bases
3043
# of unknown bases
48348
# of frame shifts
8
Frame shifts
OPG050:71-76(nt:33181-33198),OPG109:237-796(nt:87060-88739),OPG164:229(nt:143460-143464),OPG180:556-560(nt:154356-154371),OPG185:53-314(nt:159073-159858),OPG191:167-169(nt:166658-166667),OPG197:96-101(nt:169954-169972),OPG003_dup:4-589(nt:192612-194369)
Nucleotide mutations
Mutations called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
T
7005
C
G
7205
A
G
7410
A
T
7411
C
T
7648
C
C
7756
A
T
7810
C
T
7950
G
C
8286
T
C
8603
A
T
8694
G
A
8810
G
A
8830
G
A
8893
C
T
8923
C
A
9376
G
C
9404
T
T
10992
C
Show more
Deletions
7021-7026, 7148-7151, 7405, 8100, 8328, 8329, 8421-8424, 8471, 8499, 8919, 8993, 9282, 13374, 15549, 15550, 15747, 15872, 16608-16613, 18055-18057, 24316, 24350, 28590-28608, 32210-32212, 33199, 33414, 41940, 46506-46508, 46596, 47576, 47712, 47713, 48166-48168, 50512, 50513, 50575, 50576, 132813, 133088-133102, 133177-133186, 133493-133945, 139429-139431, 142755, 143459, 144344,...
Show more
Insertions
ins_6533:N, ins_6975:GTATAATCATCACTGTCGCTATCATTAT, ins_6983:T, ins_7435:GTA, ins_8608:ATAATAT, ins_9264:A, ins_9585:N, ins_10476:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN, ins_13289:NNNNNNNNNNNNTC, ins_16407:GTGT, ins_18886:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCCTGGAGAGCAAGTAGATGATGAGGAACCAGATAGTTTATATCCATACTTGCACTTAAAGTCTACATTGTAGTTGTATGAGTGTATGATCTTTTAAGCCGCTAGAAGT...
Show more
Amino acid substitutions
Substitutions called relative to the
NC_063383.1
reference
Substitutions
OPG005
OPG005:
S
3
F
OPG005:
N
74
D
OPG005:
M
131
I
OPG016
OPG016:
S
63
A
OPG016:
E
80
V
OPG019
OPG019:
M
124
R
OPG023
OPG023:
A
90
V
OPG023:
M
109
I
OPG023:
V
174
A
OPG023:
A
193
S
OPG023:
S
258
L
OPG023:
Y
300
H
OPG023:
C
304
R
OPG023:
V
426
T
OPG023:
T
488
A
OPG023:
L
602
I
OPG023:
K
637
E
OPG024
OPG024:
S
32
G
OPG025
OPG025:
E
393
K
OPG025:
I
425
V
OPG027
OPG027:
I
47
V
OPG029
OPG029:
C
146
R
OPG030
OPG030:
N
12
D
OPG030:
S
113
N
OPG031
OPG031:
T
80
M
OPG031:
M
271
K
OPG036
OPG036:
S
11
P
OPG037
OPG037:
C
144
Y
OPG038
OPG038:
H
27
P
OPG038:
V
78
I
OPG039
OPG039:
C
279
Y
OPG040
OPG040:
P
254
A
OPG043
OPG043:
T
3
A
OPG044
OPG044:
V
63
A
OPG044:
T
109
A
OPG045
OPG045:
A
185
T
OPG046
OPG046:
S
95
N
OPG047
OPG047:
I
232
K
OPG047:
D
478
N
OPG049
OPG049:
E
17
V
OPG049:
M
37
V
OPG049:
T
263
M
OPG054
OPG054:
R
438
G
OPG056
OPG056:
C
622
Y
OPG059
OPG059:
I
26
L
OPG063
OPG063:
V
307
A
OPG065
OPG065:
H
61
N
OPG066
OPG066:
K
83
R
OPG066:
H
97
N
OPG068
OPG068:
P
251
S
OPG071
OPG071:
L
411
W
OPG071:
I
428
T
OPG071:
A
484
S
OPG071:
I
501
V
OPG072
OPG072:
V
10
I
OPG074
OPG074:
N
199
D
OPG074:
I
441
V
OPG076
OPG076:
S
20
N
OPG079
OPG079:
C
45
Y
OPG080
OPG080:
D
321
E
OPG080:
C
382
S
OPG080:
L
521
P
OPG080:
P
582
H
OPG084
OPG084:
Q
620
R
OPG085
OPG085:
S
79
T
OPG085:
T
328
A
OPG085:
F
591
V
OPG089
OPG089:
E
337
K
OPG091
OPG091:
V
62
I
OPG094
OPG094:
R
175
T
OPG096
OPG096:
I
68
M
OPG100
OPG100:
K
152
Q
OPG102
OPG102:
I
249
V
OPG104
OPG104:
T
12
A
OPG112
OPG112:
H
34
R
OPG113
OPG113:
V
537
I
OPG117
OPG117:
D
454
N
OPG118
OPG118:
K
256
R
OPG118:
V
462
A
OPG120
OPG120:
A
19
T
OPG120:
H
213
R
OPG123
OPG123:
I
172
T
OPG123:
A
313
T
OPG123:
C
436
Y
OPG130
OPG130:
T
63
V
OPG130:
T
122
A
OPG134
OPG134:
E
226
D
OPG135
OPG135:
V
90
E
OPG136
OPG136:
A
229
T
OPG136:
D
267
N
OPG136:
F
283
Y
OPG144
OPG144:
T
184
I
OPG145
OPG145:
A
348
P
OPG145:
Q
463
R
OPG148
OPG148:
I
313
S
OPG150
OPG150:
N
100
D
OPG150:
D
256
E
OPG151
OPG151:
D
6
V
OPG151:
N
282
D
OPG153
OPG153:
M
14
T
OPG153:
Q
493
P
OPG154
OPG154:
R
74
H
OPG154:
H
107
R
OPG156
OPG156:
I
261
M
OPG160
OPG160:
P
2
S
OPG161
OPG161:
V
88
A
OPG163
OPG163:
V
46
A
OPG165
OPG165:
D
106
N
OPG170
OPG170:
M
111
I
OPG172
OPG172:
A
125
V
OPG172:
M
145
T
OPG172:
Y
160
D
OPG176
OPG176:
D
24
N
OPG176:
L
227
S
OPG181
OPG181:
L
85
M
OPG187
OPG187:
K
300
*
OPG188
OPG188:
V
265
I
OPG188:
S
419
R
OPG189
OPG189:
K
185
R
OPG189:
C
506
H
OPG192
OPG192:
G
100
E
OPG193
OPG193:
I
108
R
OPG195
OPG195:
C
120
S
OPG197
OPG197:
M
1
I
OPG198
OPG198:
N
71
D
OPG199
OPG199:
T
218
S
OPG199:
K
230
E
OPG200
OPG200:
D
52
G
OPG200:
E
134
G
OPG204
OPG204:
N
178
K
OPG205
OPG205:
W
169
R
OPG205:
V
621
A
OPG209
OPG209:
I
11
V
OPG209:
L
21
F
OPG210
OPG210:
F
3
L
OPG210:
A
98
D
OPG210:
K
331
N
OPG210:
N
334
I
OPG210:
H
363
R
OPG210:
D
379
G
OPG210:
V
515
A
OPG210:
S
781
P
OPG210:
V
788
A
OPG210:
A
1305
T
OPG210:
L
1704
R
OPG210:
D
1717
G
OPG210:
E
1863
D
Deletions
OPG029
OPG029:153, OPG029:154
OPG031
OPG031:258
OPG049
OPG049:314
OPG157
OPG157:61
OPG164
OPG164:228
OPG180
OPG180:555
OPG191
OPG191:166
OPG197
OPG197:87-95
OPG210
OPG210:748
Insertions
OPG047
ins_OPG047:480:GWNGM
OPG110
ins_OPG110:79:XXX
OPG153
ins_OPG153:354:TGHHXXXXXXXX
OPG164
ins_OPG164:217:XDHEH
OPG205
ins_OPG205:731:XXXXSQ
Nucleotide sequence
Aligned nucleotide sequence
Aligned amino acid sequences
Report an issue with this sequence or metadata
Create GitHub issue