This is a preview instance. Do not rely on this data for real analyses.

PPD_005J2ZR.1

Slovakia/PPD_005J2ZR.1/2024-01-30
T. Sladecek

Science Park of Comenius University of Bratislava, Ilkovicova 8, 841 04 Bratislava

Sample details

Collection date
2024-01-30
Sampling location
Slovakia
Isolate name
RNA

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-06-09 17:12insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
B.1.22

INSDC

INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession
NCBI release date
2025-02-14
NCBI update date
2025-02-15
Raw reads accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OZ223837.1
Submitting group
Date submitted
2026-06-09 17:00:47 UTC
Date released
2026-06-09 19:02:17 UTC
Earliest release date
2025-02-14

Alignment and QC

Length
184505 (93.6%)
# of SNPs
66
# of inserted bases
9
# of deleted bases
109
# of unknown bases
95

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
  • C34784T
  • G37202A
  • G38360A
  • C38662T
  • C39119T
  • C39139T
  • C45528T
Deletions

133177-133186, 179145-179243
Insertions

ins_133102:TTTTT, ins_173305:NNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG054

  • OPG054:D405N

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG064

  • OPG064:R124K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG075

  • OPG075:G41E

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG120

  • OPG120:D111N

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG165

  • OPG165:V88I

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue