This is a preview instance. Do not rely on this data for real analyses.

PPD_005J13K.1

Ireland/PPD_005J13K.1/2023-10-18
G. Gonzalez, M. Carr, T. M. Kelleher, E. O'Byrne, W. Banka, B. Keogan, C. Bennett, G. Franzoni, P. Keane, C. Kenna, L. W. Meredith, N. Fletcher, J. M. Urtasun-Elizari, J. Dean, C. Browne, F. Lyons, B. Crowley, D. Igoe, E. Robinson, G. Martin, J. Connell, C. F. De Gascun, D. Hare & M. J. Carr

University College Dublin, National Virus Reference Laboratory

Sample details

Collection date
2023-10-18
Sampling location
Ireland
Isolate name
NVRL-00925

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-06-09 17:12insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
E.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-05-06
NCBI update date
2024-05-06

Host

Host

Submission details

Submission ID
OR966872.1
Submitting group
Date submitted
2026-06-09 17:00:47 UTC
Date released
2026-06-09 19:01:13 UTC
Earliest release date
2024-05-06

Alignment and QC

Length
197122 (99.1%)
# of SNPs
90
# of inserted bases
78
# of deleted bases
89
# of ambiguous bases
6
# of unknown bases
1693

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C5145T
  • C7771T
  • G13563A
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • C21062T
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
Deletions

607-609, 133177-133186, 179172-179243, 188348, 196615-196617
Insertions

ins_133102:TT, ins_173874:NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG015

  • OPG015:E338K

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG025

  • OPG025:A423D
  • OPG025:P569S

OPG036

  • OPG036:M1I

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K
  • OPG056:E433K

OPG057

  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:R665C

OPG081

  • OPG081:V15I

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:S52L
  • OPG176:M82I
  • OPG176:H221Y

OPG180

  • OPG180:D59N

OPG188

  • OPG188:S218F

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue