This is a preview instance. Do not rely on this data for real analyses.

PPD_005BZTM.1

Japan/PPD_005BZTM.1/2024-03-03
N. Higashi-Kuwata, W. Okada, K. Takahashi, M. Nagashima, S. Morioka, N. Iwamoto, K. Sadamasu, K. Yoshimura, N. Ohmagari & H. Mitsuya

Toyama, Shinjuku-ku, Tokyo 162-8655

Sample details

Collection date
2024-03-03
Sampling location
Japan (Tokyo)
Isolate name
MPXV/human/Japan/Tokyo/NCGM240303/2024

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-06-09 17:12insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Clade & Lineage

Clade
IIb
Outbreak
sh2017
Lineage
C.1.2

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-07-25
NCBI update date
2024-07-25

Host

Host

Submission details

Submission ID
LC831698.1
Submitting group
Date submitted
2026-06-09 17:00:47 UTC
Date released
2026-06-09 17:16:48 UTC
Earliest release date
2024-07-25

Alignment and QC

Length
197177 (100%)
# of SNPs
80
# of inserted bases
1
# of deleted bases
33

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

  • G1262A
  • G2591A
  • G3111A
  • G3522A
  • C3818T
  • C3987T
  • C7771T
  • G14000T
  • G15428A
  • A18769G
  • G21723A
  • C23564T
  • G25661A
  • G28142A
  • T28175C
  • G30367A
  • G31053A
  • G34459A
Deletions

607-609, 133177-133186, 150586-150602, 196615-196617
Insertions

ins_0:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_063383.1 reference

Substitutions

OPG001

  • OPG001:S105L

OPG002

  • OPG002:S54F

OPG003

  • OPG003:D264N

OPG016

  • OPG016:R84K

OPG025

  • OPG025:A423D

OPG044

  • OPG044:D18N

OPG047

  • OPG047:R48C

OPG053

  • OPG053:P78S

OPG056

  • OPG056:E125K

OPG057

  • OPG057:A290V
  • OPG057:E353K

OPG071

  • OPG071:L108F

OPG072

  • OPG072:D56N

OPG074

  • OPG074:R665C

OPG092

  • OPG092:D196N

OPG093

  • OPG093:S30L
  • OPG093:D88N

OPG094

  • OPG094:M142I

OPG098

  • OPG098:E162K

OPG105

  • OPG105:S734L

OPG109

  • OPG109:H740Y

OPG118

  • OPG118:K606E

OPG121

  • OPG121:S65L

OPG124

  • OPG124:L16F

OPG136

  • OPG136:D98N

OPG139

  • OPG139:A17T

OPG145

  • OPG145:E62K
  • OPG145:R243Q
  • OPG145:E435K

OPG148

  • OPG148:R259K

OPG149

  • OPG149:M115I

OPG150

  • OPG150:S307L

OPG176

  • OPG176:H221Y

OPG193

  • OPG193:L263F

OPG210

  • OPG210:D209N
  • OPG210:P722S
  • OPG210:D918N
  • OPG210:M1741I
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Report an issue with this sequence or metadata

Create GitHub issue